对于孕妇来说，感染衣原体和支原体是十分危险的。妊娠高血压综合征、羊水过多、早产、胎膜早破、绒毛膜炎和子宫内膜炎是人型支原体和脲原体感染的孕妇最常见的合并症。在母亲具有人型支原体和脲原体感染时，胎儿可能发生围产期感染。子宫内感染的患儿先天性心脏病的发生率和围产期病死率都显著升高。支原体引起胎儿畸型的原因是由于支原体使细胞染色体装置发生不可逆的变化。

    孕妇感染衣原体后，50%～70%的新生儿将受到感染，一般在1周后出现结膜炎及肺炎的症状。约10%的新生儿血清阳性，但无临床表现。