《周易》、《易传》以及诸子的辨证法思想及当时自然科学如天文、历法、数学、地学、农学等成就，使之与医学结合起来，从而奠定了中医理论体系的基础。尤其是在论述阴阳的基本概念和阴阳相反相成的基本规律方面，广泛联系自然界和人体生理、病理变化的许多征象加以具体论证。这就是“阴阳”的最早出现和阴阳与祖国医学的最早结合。

      “五行学说”起源也是很早的，据甲骨文卜辞所载的情况可知，滥觞于殷周时代的五方观念就是五行学说的最早萌芽。继此之后，西周末年，史伯说：“以土与金、木、水、火杂以成百物”。（《国语.郑语》）。春秋时宋国子罕说：“天生五材，民并用之，废一不可”。（《左传》襄公二十七年）。五材就是指金、木、水、火、土五种物质原料。从这些记载中可以看出：五方说、五材说已经有了最早整体观念的萌芽，表现出一种朴素唯物主义的观点，而其后的《尚书.洪范》则最早明确提出五行这一概念，书中写道，所谓“五行”：“一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爰稼穑。润下作咸，火上作苦，曲直作酸，从革作辛，稼穑作甘”。到《内经》的出现已经把“五行”知识比较熟练地运用到医学方面。借以五行学说来说明人体内部以及与外界之间的相互关系，来指导临床实践。如整体观念、五行的相生相克相乘相侮等等，这些对于疾病的认识、预防、诊断和治疗起到到了一定的作用。