隋代对病因的探讨和证候的描述已取得相当成就，由国家组织太医博士巢元方等人集体编著的《诸病源候论》，是我国现存最早的病因学（病理学）和证候学专著。

该书成于公元610年。全书50卷，分67门，1739论（一作1720论）。内容包括内、外、妇、儿、五官等科的各种疾病。在论述诸病源候的内容中，有许多突出的成就。

首先在病因方面，能突破前人的见解，提出新的论点，准确地认识许多疾病病源。如在温病候中认为某种传染病是由外界有害物质“乖戾之气”所引起，并且“多相染易”。提倡预先服药预防，控制传染。再如对恙虫病的病因。认为“山内水间有沙虫，其中甚细不可见，入浴及汲水澡浴，此虫著身”，是对恙虫病的病源螨感染的描述。

对于寄生虫病，则详细描述其形态及其传染途径。特别是对缘虫，指出：是由于食半生不熟的牛肉和生鱼所致。并说：“白虫相生，子孙转大，长至四五尺，亦能杀人。”观察非常细致，这记载也是最早的。对于消渴（糖尿病），认为是由于长期嗜食甘肥食品所致。而且指出：消渴病多发痈疽，或成水肿等，也是糖尿病并发皮肤感染和泌尿系感染的最早记载。对于不育症的原因，不只责于妇人，认为与男子有关，等等，举不胜举。《诸病源候论》把我国病因学提高到一个新的水平。

其次，书中正确地描述了许多症状如《诸癞候》中，描述了麻风病的各期典型症状。“凡癞病”初期：“皮肤不红，或淫淫苦痒如虫行，或眼前见物如垂丝，或隐轸辄赤黑。中期：“身体遍痒，搔之生疮；......或顽如大钱，.....锥刺不痛。”晚期：“眉睫坠落，鼻柱崩倒，......肢体堕落。”如在《毛发病诸候》中描述“鬼舐头候”说：“人有风邪在于头，有偏虚处，则发脱落，肌肉枯死，或如钱大，或如指大，发不生亦不痒，故谓之鬼舐头。”这也是世界上最早记录“园顶秃发症”的文献。