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低HDL-胆固醇血症常见于肥胖、吸烟、缺乏运动的人，因此，对于HDL-胆固醇水平降低者，应强调以公共卫生措施为主的一线治疗，即锻炼身体、戒烟、减肥。运动锻炼可以有效地提高血清HDL-胆固醇水平。其次应治疗引起HDL-胆固醇水平降低的原发疾病，如肾病综合征、糖尿病等。

当冠心病患者低密度脂蛋白-胆固醇水平增高伴低HDL-胆固醇血症需采用降脂治疗时，应该选用能升高HDL-胆固醇的药物，例如烟酸。如果病人不能耐受烟酸的副作用，还可以选用他汀类药物，这类药物有轻度升高HDL-胆固醇的作用。高甘油三酯血症伴低HDL-胆固醇血症需要治疗时，也应首选烟酸。孤立性低HDL-胆固醇血症伴高血压存在时，不宜选用能降低HDL-胆固醇的药物，如β-受体阻滞剂，而改用不影响HDL-胆固醇水平的药物，如血管紧张素转换酶抑制剂、长效钙拮抗剂。孤立性低HDL-胆固醇血症而无其它血清脂质异常时，不推荐使用升高HDL-胆固醇的药物做为冠心病的一级预预防。